Terahashi, seorang otaku sains di sekolah menengah yang berprestasi tinggi, menjalani hari-harinya dengan dibuli dengan kejam oleh rakan sekelasnya. Satu-satunya penyelamat baginya adalah kewujudan Toujo Natsu, seorang pelajar cemerlang yang sentiasa melindunginya. Bagi Terahashi, Natsu adalah "kawasan suci (malaikat)" yang tidak boleh dicemari yang memahaminya, dan mengambil gambar curi serta melihat foto-foto itu secara rahsia menjadi satu-satunya tujuan hidupnya. Namun pada suatu hari, Terahashi secara tidak sengaja menyaksikan pemandangan yang tidak sepatutnya dilihat. Iaitu, Natsu sedang mengadakan pertemuan rahsia di sekolah dengan Yamada, seorang guru yang sudah berkahwin, dan mereka sedang asyik bercinta. Merasa dikhianati, perasaan cinta Terahashi terhadap Natsu berubah menjadi obsesi yang gelap. Keesokan harinya, Terahashi memanggil Natsu ke bilik darjah selepas waktu sekolah...
